前言 之间进行了使用Gromacs进行的水中溶菌酶的分子动力学模拟,需要生成一个轨迹动画,但开源Pymol实在是bug多多,这个安装过程可能需要另做一篇笔记,以下是生成轨迹动画的笔记。 步骤 蛋白质中心化 gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_center.xtc -center -pbc mo…
前前言 最近我导布置了任务,实操MD模拟,先从最简单的开始,在这篇模拟教程中,需要用到Pymol软件,搜遍全网,没有找到合适的安装教程,所以写下了这篇安装记录。 前言 之前写的安装过程是错的,生成了一个怪异的Pymol,分成两个窗口,当时就感觉不对劲,果然在最后需要生成轨迹动画的时候出问题了。 不得已回来重新研究,做了如下笔记。 安装过程 1.创建…