前言 之间进行了使用Gromacs进行的水中溶菌酶的分子动力学模拟，需要生成一个轨迹动画，但开源Pymol实在是bug多多，这个安装过程可能需要另做一篇笔记，以下是生成轨迹动画的笔记。 步骤 蛋白质中心化 gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_center.xtc -center -pbc mo…

前言 看了几篇文献后，先对MD模拟进行了个简单的实操，对水中溶菌酶进行分子动力学模拟，pdb文件已经通过Pymol进行了处理，删除了水分子，对这个实操做了笔记。 操作过程 产生拓扑文件 使用pdb2gmx模块产生拓扑文件。 在WSL中打开windows系统中的文件系统： cd /mnt 输入命令： gmx pdb2gmx -f 1aki_clean…

前前言 最近我导布置了任务，实操MD模拟，先从最简单的开始，在这篇模拟教程中，需要用到Pymol软件，搜遍全网，没有找到合适的安装教程，所以写下了这篇安装记录。 前言 之前写的安装过程是错的，生成了一个怪异的Pymol，分成两个窗口，当时就感觉不对劲，果然在最后需要生成轨迹动画的时候出问题了。 不得已回来重新研究，做了如下笔记。 安装过程 1.创建…

前言 在之前的努力中，我已经建立了自己的服务站点，安装了一系列很有意思的服务，之后为了增强安全性，采用https访问，这就需要配置SSL证书。 配置 查看Nginx的宿主机挂载目录 docker inspect nginx 得到以下结果 ![[Pasted image 20230916101624.png]] 在服务器创建ssl目录，用来存放ssl…

概述 在VSCode和编译器MinGW安装完毕后，要更高效率的进行C/C++开发，采用CMake。CMake是一个开源、跨平台的编译、测试和打包工具，它使用比较简单的语言描述编译，安装的过程，输出Makefile或者project文件，再去执行构建。 安装 在官网下载CMake，直接点击安装包，设置安装路径进行安装即可，安装时，需要勾选设置环境变量…

在配置整个虚拟网络的过程中，由于对Nginx的了解不深，使用起来也捉襟见肘，就从Nignx的学习开始，包括各种块的用法

前言 之前实现了在云服务器的Docker中建立图床，接下来，为了完善写作时的工作流，将Obsidian中使用的图片实现同步就成了必要的步骤。(PS：谁能想到我最初的想法只是用云服务器实现远程桌面同步而已)。 配置过程 1.安装 Picgo 之前已经有了[[Docker搭建图床|图床]]，那么要实现无感的写作，就需要实现图片的自动上传和自动生成链接。…

Lsky Pro 介绍 Lsky Pro 是一个用于在线上传、管理图片的图床程序，中文名：兰空图床，你可以将它作为自己的云上相册，亦可以当作你的写作贴图库。 兰空图床始于 2017 年 10 月，最早的版本由 ThinkPHP 5 开发，后又经历了数个版本的迭代，在 2021 年末启动了新的重写计划并于 2022 年 3 月份发布全新的 2.0 版…

既然安装了Docker，那就不妨建立一个自己的博客网站。实现内外网隔离网站部署，更安全。采用Nginx/wordpress/Mysql

前言 希望把自己的博客建立到购买的华为云服务器中，首先安装Docker容器平台，接下来从Docker标准的软件源中安装最新版本的Docker。 Docker安装 首先更新软件包索引，安装必要的依赖软件。 sudo apt upgrade sudo apt install apt-transport-https ca-certificates cur…