前前言

最近我导布置了任务，实操MD模拟，先从最简单的开始，在这篇模拟教程中，需要用到Pymol软件，搜遍全网，没有找到合适的安装教程，所以写下了这篇安装记录。

前言

之前写的安装过程是错的，生成了一个怪异的Pymol，分成两个窗口，当时就感觉不对劲，果然在最后需要生成轨迹动画的时候出问题了。

不得已回来重新研究，做了如下笔记。

安装过程

1.创建conda环境(这一步没有问题)

conda create --name Pymol_env python=3.10

2.安装最新的Microsoft Visual C++ Redistributable for Visual Studio(正确)
网址：Latest supported Visual C++ Redistributable downloads | Microsoft Learn

安装后重启即可 3.直接conda安装pymol-open-source(注意)
在Ananconda官网库中查找到安装命令：

conda install conda-forge::pymol-open-source

以上是该条指令需要安装的各类库，这是我们会发现，在环境目录下，并没有PyMOL.exe执行程序，也就无法打开Pymol，这时候，需要自己安装pymol_launcher库。
4.安装pymol_launcher库pymol-launcher库下载地址为：cgohlke/pymol-open-source-wheels: Pymol-open-source wheels for Python on Windows (github.com)下载这个版本，命令行进入到下载路径，执行以下命令安装：

pip install pymol_launcher-3.0-cp310-cp310-win_amd64.whl

效果不错
5.安装ffmpeg以及mpeg_encode插件由于之前安装的版本在最后需要生成轨迹动画时找不到编码插件，最后在ResearchGate论坛找到了解决的办法： 与自身实践结合，得出以下方法：

conda install -c conda-forge ffmpeg
conda install -c schrodinger mpeg_encode

结果

问题解决，Pymol看起来行一个正常软件。

成功进行了轨迹动画生成。

参考

[1] ResearchGate论坛
[2] Ananconda官网库中
[3] cgohlke/pymol-open-source-wheels: Pymol-open-source wheels for Python on Windows (github.com)