前言

之间进行了使用Gromacs进行的水中溶菌酶的分子动力学模拟，需要生成一个轨迹动画，但开源Pymol实在是bug多多，这个安装过程可能需要另做一篇笔记，以下是生成轨迹动画的笔记。

步骤

蛋白质中心化

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_center.xtc -center -pbc mol -ur compact

中心选择蛋白质，输出选择系统：

抽帧

这里我选择抽100帧：

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_center.xtc -o complex.pdb -dt 1

使用Pymol打开complex.pdb文件：

动画优化

instra_fit complex
smooth

结果

最终生成了几个不错的轨迹动画：

参考

[1] gromacs轨迹动画_哔哩哔哩_bilibili
[2] PyMOL中文教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)